Modificaciones postranscripcionales del ARN.

Las modificaciones del ARN están involucradas en bastos procesos metabólicos como: la propagación del cáncer, neurodegeneración, autismo, infecciones virales, resistencia a los antibióticos, resistencia de los cultivos a la sequía y rendimiento de los cultivos. Nuestro grupo es pionero en el desarrollo de nuevas técnicas para la detección de modificaciones del ARN con alto rendimiento y con resolución a nivel de nucleótido. Para la detección de estas modificaciones del ARN, utilizamos las técnicas de secuenciación de última generación de Illumina y Oxford Nanopore. Nuestra investigación pretende transformar campos involucrados en el tratamiento y la prevención de enfermedades, la agricultura y la biología sintética.

ARN Helicasas DEAD-box y ensamblaje de ribosomas.

La proteína DEAD-box DbpA de E. coli y las proteínas DEAD-box DDX1 y DDX3X de humano, están involucradas en el ensamblaje del ribosoma. Nuestro objetivo es investigar cómo la hidrólisis del ATP y el despliegue del ARN por parte de estas enzimas son regulados en la célula y en procesos de maduración del ribosoma. Para investigar a nivel celular el papel que tienen las proteinas DbpA, DDX1, y DDX3X, empleamos técnicas tales como lo son la espectrometría de masas, modificaciones químicas del ARN en combinación con secuenciación de última generación, e inmunoprecipitación por entrecruzamiento (CLIP).

Identificación de nuevos factores de maduración involucrados en el ensamblaje de ribosomas.

A lo largo del proceso de maduración del ribosoma, este debe sufrir modificaciones químicas clave que le permitan madurar y ensamblarse correctamente. Para identificar los distintos factores que inducen estas modificaciones en ribosomas de E. coli, empleamos la espectrometría de masas combinada con knockout genético. Además, se emplea una combinación de técnicas estructurales y bioquímicas para determinar la etapa precisa del proceso de ensamblaje de ribosomas.